Pucará se sitúa al Sur Occidente del Azuay, sobre un ramal de la Cordillera de Mollepongo, entre los 300 – 4.600 m.s.n.m., con un alto contraste de la vegetación. La zona baja, siguiendo el margen del Río Jubones se caracteriza por una vegetación de matorral espinoso seco, parcialmente sustituido por plantaciones tropicales (cacao, banano), la zona alta corresponde a formaciones esteparias herbáce
as. Entre estos dos extremos altitudinales se desarrollan las formaciones vegetales arbustivas húmedo de hojas caducas y matorral húmedo de hojas permanentes. Entre los principales ríos que riegan el territorio del cantón están: el Río Jubones, San Francisco, Vivar, Gala, Siete, Gigantones, Tenguelillo. Dada la diversidad de pisos altitudinales, el cantón dispone de una amplia biodiversidad de flora y fauna, comprendiendo desde ecosistemas de páramo, bosque altoandino seco y bosque húmedo tropical, factores que influyen y generan una diversidad paisajística.
