A conquista de Baependi aconteceu, no entanto, em fins do século XVII, por volta de 1692, quando os paulistas Antonio Delgado da Veiga, seu filho João da Veiga e o tio de Miguel Garcia Velho o capitão Manoel Garcia Velho, partiram de Taubaté (SP) em busca de ouro. Transpondo a Serra da Mantiqueira, alcançaram um sítio que chamaram maependi (mbaé-pindi significa "a clareira aberta" em tupi-guarani)
. Cidade remanescente do chamado Ciclo do Ouro em Minas Gerais, Baependi se desenvolveu ao longo do caminho da Estrada Real - a primeira grande via de comunicação regular no Brasil -, que ligava a região das minas a Paraty (RJ), porto de onde saía o ouro em direção à Europa. O madeirense Tomé Rodrigues Nogueira do Ó (1715), Capitão-mor e Provedor dos Quintos do "Registro da Mantiqueira", foi um dos primeiros moradores do local e foi considerado o fundador da cidade por ter feito as primeiras construções. A mineração foi, paulatinamente, substituída pela agricultura e a criação de gado. Destacou-se a grande lavoura do tabaco, que fez de Baependi o centro produtor da Província de Minas Gerais e representou importante fonte de riqueza até meados do século XIX. Atualmente, a economia do município é baseada na agricultura, no comércio, no artesanato, na comercialização de pedras de quartzito e no turismo, já que a beleza natural é o forte da cidade, cercada de montanhas, matas, rios e inúmeras cachoeiras. O artesanato é uma importante atividade econômica em Baependi. As peças feitas em bambu, palha de milho e tronco de árvore de café são distribuídas em grandes centros urbanos como, São Paulo, Rio de Janeiro, Belo Horizonte e capitais do nordeste.