A vila de São Luís de Cáceres foi fundada em 6 de outubro de 1778 pelo tenente de Dragões Antônio Pinto Rego e Carvalho, por determinação do quarto governador e capitão-general da capitania de Mato Grosso, Luís de Albuquerque de Melo Pereira e Cáceres. No início, o povoado de Cáceres não passava de uma aldeia, centrada em torno da igrejinha de São Luiz de França(Luís IX de França). A Fazenda Jacob
ina destacava-se na primeira metade do século XIX por ser a maior da província de Mato Grosso em termos de área e produção. Foi lá que Sabino Vieira, chefe da Sabinada, a malograda Conjuração baiana, refugiou-se e veio a morrer em 1846. O historiador Natalino Ferreira Mendes conta em seus livros que, em meados do século passado, Vila-Maria do Paraguai experimentou algum progresso, graças ao advento do ciclo da indústria extrativa, que tinha seus principais produtos no Gado, na Borracha e na Ipecacuanha, o Ouro negro da floresta, e à abertura da navegação fluvial. As razões paraa fundação do povoado foram a necessidade de defesa e incremento da fronteira sudoeste de Mato Grosso; a comunicação entre Vila Bela da Santíssima Trindade e Cuiabá e, pelo Rio Paraguai, com a capitania de São Paulo; e a fertilidade do solo no local, com abundantes recursos hídricos
Em 1860, Vila-Maria do Paraguai já contava com sua Câmara Municipal, mas só em 1874 foi elevada à categoria de cidade, com o nome de São Luiz de Cáceres, em homenagem ao padroeiro e ao fundador da cidade. Em 1938, o município passou a se chamar apenas Cáceres. Em fevereiro de 1883, foi assentado na Praça da Matriz, atual Barão do Rio Branco, o Marco do Jauru, comemorativo do Tratado de Madrid, de 1750. Junto com a Catedral de São Luís - cuja construção teve início em 1919, mas só foi concluída em 65 -. os dois monumentos estão até hoje entre os principais atrativos turísticos da cidade. A navegação pelo Rio Paraguai desenvolveu o comércio com Corumbá, Cuiabá e outras praças, e o incremento das atividades agropecuárias e extrativistas fez surgir os estabelecimentos industriais representados pelas usinas de açúcar e as charqueadas de Descalvados e Barranco Vermelho, de grande expressão em suas épocas
Em 1914, São Luís de Cáceres recebeu a visita do ex-presidente dos Estados Unidos, Theodore Roosevelt, que participava da Expedição Roosevelt-Rondon. Conta-se que ele ficou encantado com o comércio local, cujo carro-chefe era a loja "Ao Anjo da Ventura", de propriedade da firma José Dulce & Cia, que também era dona do v***r Etrúria. As lanchas que deixavam Cáceres com destino a Corumbá levavam poaia (ou ipecacuanha), borracha e produtos como charque e couro de animais e voltavam carregadas de mercadorias finas, como sedas, cristais e louças vindas da Europa. No início de 1927, Cáceres viveu dois acontecimentos marcantes: a passagem da Coluna Prestes por seus arredores, que provocou a fuga de muitos moradores, e o pouso do hidroavião italiano Santa Maria, o primeiro a sobrevoar Mato Grosso. . A partir de 1950, as mudanças passaram a ser mais rápidas.No início dos anos 60, foi construída a ponte Marechal Rondon, sobre o Rio Paraguai, que facilitou a expansão em direção ao noroeste do Estado. A chegada de uma nova leva migratória,causada pelo desenvolvimento agrícola que projetou pólo de produção no Estado e no pais, mudou o perfil de Cáceres, cuja ligação com a capital, Cuiabá, foi se intensificando à medida que melhoravam as condições da estrada ligando as duas cidades. É nesse período que ocorre a emancipação dos novos núcleos sócios-econômicos. Assim, emanciparam-se de Cáceres: o distrito de Mirassol d'Oeste, Salto do Céu, Jauru, Porto Esperidião,São José dos Quatro Marcos, Araputanga, Reserva do Cabaçal, Figueirópolis d'Oeste, Porto Estrela,Lambari d'Oeste e Rio Branco.