Empezó a funcionar en el año 1975 con una población de 159 alumnos. Para iniciar nuestra rica historia que en 1835 se fundó la primera escuela en San Rafael, JULIA FERNÁNDEZ, posteriormente en 1917 se crea la Escuela ENRIQUE PINTO, piedra angular del Liceo San Rafael de Alajuela. Los pocos alumnos que iban a la secundaria tenían que desplazarse a Colegios como el Instituto de Alajuela, el Liceo de
Belén, San Joaquín de Flores y el Liceo de Heredia. A inicios de la década de los setenta proliferaron los colegios de secundaria en todo el país y Alajuela no fue la excepción, creándose las siguientes instituciones educativas de enseñanza media: Gregorio José Ramírez, Colegio el Carmen, Redentorista San Alfonso, Otilio Ulate Blanco, Barrio San José, María Pacheco y Liceo San Rafael. En la administración del presidente José Joaquín Trejos Fernández (1966-1970) se había aprobado la creación de un colegio agropecuario en la Guácima de Alajuela. Sin embargo no se le había dado el sustento económico para su arranque y la comunidad no se organizó para tratar de conseguirlo. A finales de la administración de Don Daniel Oduber Quiroz (1974-1978), el diputado alajuelense Guillermo Sandoval Aguilar, se le ocurrió la idea de crear un colegio en el sector sur de Alajuela, específicamente en San Rafael, para que desconcentrara al Instituto de Alajuela y recibiera alumnos de las comunidades de San Rafael y la Guácima. El diputado Sandoval Aguilar, hizo conexiones con el Director Regional de enseñanza de ese entonces, el señor Benito Rojas Sancho, y decidieron visitar la Asociación de Desarrollo Comunal de San Rafael para exponerles el proyecto. Lo mismo se hizo con la Directora de la Escuela Julia Fernández, señora Felicia Rodríguez y con Doña Selenia Bastos. Directora de la Escuela Enrique Pinto. El primer día de lecciones fue un lunes 5 de marzo de 1975. A la cita acudieron 159 alumnos, unos venían con el uniforme de la escuela y otros con ropa particular. Como un homenaje a su encomiable labor en beneficio de las nuevas generaciones, se incluye la lista completa del personal docente que dio inicio en sus funciones educativas en la institución ese día 5 de marzo de 1975:
Directora: Flor Fernández Aguilar
Oficinista Mayra Zamora B. Orientadora: María Eugenia Pérez c. Conserje: Margarita González. Español: Cecilia Murillo Campos. Estudios Sociales: Guiselle Bolaños Loría. Matemáticas: Marielos Bolaños Araya. Ciencias Patricia Solano Villalovos. Francés: Elieth Chaves. Música: Edwin González C. Artes Plásticas: Oscar Miranda. Educación para el Hogar: Nora Murillo Chávez. Religión: Vilma Rojas Gamboa. Educación Física Alfredo Jaikel Bolaños. La matrícula inicial de la institución fue de 159 estudiantes, distribuidos en cinco Sétimos años ubicados en la planta alta de la Escuela Enrique Pinto y dos en aulas hechas por la Hacienda Pinto. En la administración del Licenciado Daniel Oduber Quirós, en el año 1974, el Ministerio de Educación Pública, por medio de las autoridades superiores, decide la creación de un Centro Educativo de Segunda Enseñanza en San Rafael de Alajuela. En 1975 el Liceo San Rafael empezó sus actividades en la planta física de la Escuela Enrique Pinto. Conforme fue creciendo, hubo la necesidad de ocupar más aulas. El hecho de compartir una misma planta física trajo problemas de convivencia entre el personal y el alumnado de ambas instituciones. Fue así como el profesor Olman Barrantes, director que había llegado en 1976, se dio a la tarea junto con la Junta Administrativa de conseguir el financiamiento para la construcción de dos pabellones. En 1977 se consigue con el Ministerio de Educación Pública la construcción de 9 aulas, servicios sanitarios para mujeres y varones y dos pequeñas bodegas. Durante aproximadamente 6 meses, especialmente en el período de vacaciones de fin y principio de año, 1977-1978, se llevó a cabo la obra. Para 1978 el colegio inicia labores con una matrícula de 361 estudiantes, dando inicio el cuarto ciclo con 70 estudiantes. En este mismo año y con fecha 16 de octubre de 1978 el señor director Olman Barrantes solicita una licitación de transporte de estudiantes para el distrito de la Guácima y el Coco, el licenciado Mario Campos Solera del departamento financiero del M.E.P. la concede para 1979. En 1978 y hasta 1984 el Colegio siguió dando clases vespertinas, ocupando las aulas de la escuela y de dos nuevos pabellones. En 1985 el Colegio se aparta definitivamente de la Escuela Enrique Pinto. A finales de 1978 el Gobierno Estudiantil ayudado por instituciones gubernamentales construye una aula que sirve de Dirección y secretaría; se le hacen las divisiones correspondientes para bodegas y módulos administrativos. El año de 1979 se realizó la primera graduación, con 44 estudiantes que obtuvieron su Diploma de conclusión de Estudios de la Educación Diversificada. En 1980 don Olman Barrantes, Director de Colegio, consigue que la Hacienda Pinto y otras empresas de la comunidad construyan un aula para un futuro laboratorio de ciencias y que en la actualidad esta destinado para taller de Artes Industriales. A partir del año 1982, se adquiere un terreno adjunto a la Escuela Enrique Pinto, según acuerdo del Ministerio de Justicia, número 54-245-962, publicado en la gaceta el 17 de noviembre de ese mismo año, donde se expropia la finca folio número 551, tomo 83, asiento 14, pasando a ser propiedad del Ministerio de Educación Pública. En 1989 el comité de Biblioteca presidido por Luis Alberto Carvajal, hace una serie de actividades, entre ellas, un reinado de simpatía, con el propósito de recaudar fondos para la construcción de la biblioteca del Colegio. Dicha obra estuvo a cargo del maestro de obras Rene Avila.
