On ignore de quelle période date l’émancipation de la paroisse Saint-Martin, jusque-là hameau de Bayonne. En 1621 néanmoins, Louis XIII approuve une modification de gestion, de laquelle découlera la nomination du premier jurat — le terme désignant par la suite le maire de la localité — de la commune. On connaît par ailleurs le nom des députés de la paroisse au biltzar du Labourd en 1517, Compainhe
t de Sandore et Marticot d’Etcheverry. Biarritz a fait partie du biltzar du Labourd jusqu’à sa disparition en 1789. L'année 1568 voit l’élection d’une délégation de la paroisse pour défendre ses intérêts, composée de huit mariniers et de quatre laboureurs. Ces quelques éléments permettent de cerner la période de l’indépendance du hameau. L’activité de Biarritz durant cette période est surtout maritime. De jour comme de nuit un guetteur est posté sur le promontoire de l’Atalaye, scrutant l’horizon à la recherche du jet fusant, le souffle de la baleine. Aussitôt harponnée par des hommes embarqués sur des baleinières mouillant dans le Vieux-Port, la baleine est traînée jusqu’à ce dernier pour être dépecée. En 1565, Ambroise Paré fut le témoin de ce spectacle. La prise du dernier cétacé à Biarritz date du 2 ou 3 mars. La disparition de cette source de revenus importante est à l’origine d’une nouvelle activité. Les mariniers et autres nautoniers s’embarquent sur des bateaux corsaires, mais également pour la pêche dans les eaux irlandaises et de Terre-Neuve. On compte au xviie siècle dix capitaines biarrots et près de 300 marins sur les rôles maritimes, et une cinquantaine de capitaines au siècle suivant. Ainsi, le Biarrot Jean Dalbarade (1743 - 1819), fut-il ministre de la Marine entre 1793 et 1795, après avoir brillé dans la guerre de course.
