Saint-Jean-de-Luz ne fut à l'origine qu'une modeste bourgade sur les dunes, entre mer et marais, à l'entrée de l'estuaire de la Nivelle, face à la colline de Bordagain. Jadis propriété des chanoines de la cathédrale de Bayonne, la communauté, bien que devenue autonome, ne posséda jamais d'enceinte ; elle ne fit par conséquent pas véritablement figure de ville avant l'époque moderne. Au xve siècle,
les pêcheurs basques du port de Saint-Jean-de-Luz explorèrent les premiers les bancs de Terre-Neuve et la pêche à la morue jointe à la chasse à la baleine accrurent considérablement la prospérité de la commune. Du xvie au xviiie siècle, la ville devint un nid de corsaires qui combattaient pour le compte du roi de France. L'enrichissement du port et l'afflux de population furent tels qu'il en résulta l'urbanisation de Ciboure, quartier détaché d'Urrugne (le couvent des Recollets fut implanté à proximité du pont qui relie les deux communes pour apaiser les relations entre les deux communautés, souvent rivales). Le début du xvie siècle en Labourd est marqué par l'apparition de la peste. La lecture des registres gascons25 permet de suivre son expansion. Le 11 avril 1518, la peste sévissant à Saint-Jean-de-Luz, la ville de Bayonne « fait inhibition et défense à tous les manants et habitants de la cité et autres étrangers d'aller entretenir des relations au lieu et paroisse de Saint-Jean-de-Luz où les gens sont morts de la peste ». Paul Raymond15 note que la baronnie de Saint-Jean-de-Luz appartint au chapitre de Bayonne jusqu'en 1621. Saint-Jean-de-Luz, souvent prise et pillée par les Espagnols, souffrit longtemps de sa position frontalière. Elle subit notamment, en 1558, un incendie qui n'épargna qu'une seule maison - celle où résidait le chef du contingent ibérique ayant occupé la cité. C'est à la fois pour faciliter le mouillage des navires et protéger la baie que le roi Henri IV entreprit de construire le fort de Socoa (commune de Ciboure). Saint-Jean-de-Luz connut son heure de gloire lorsque, à l'issue du traité des Pyrénées conclu quelques mois plus tôt (7 novembre 1659) par Mazarin, Louis XIV vint y épouser Marie-Thérèse d'Autriche infante d'Espagne le 9 juin 1660. La porte de l'église Saint-Jean-Baptiste, franchie à sa sortie de l'église par le couple royal fut murée trois ans après la cérémonie, quoique l'inscription gravée dans le mur donne à croire que la condamnation de la porte a été réalisée juste après le mariage. En 1713, le traité d'Utrecht abandonnant Terre-Neuve à la Grande-Bretagne porta un coup funeste à Saint-Jean-de-Luz. À la fin du siècle, la baleine ayant disparu du golfe de Gascogne et l'océan ayant rompu les barres de Socoa et de Sainte-Barbe, qui protégeaient la baie, le port et une partie de la ville se trouvèrent ruinés. Ce fut la décadence ; pêcheurs et gens de mer émigrèrent en masse, la ville perdit l'essentiel de ses habitants. En un siècle la population tombe de 13 000 à 2 000 habitants26. L'année 1789 fut marquée, en particulier, par une terrible tempête qui détruisit tout un quartier de la ville (« La barre ») et submergea le couvent des Ursulines. Sous la Révolution, la commune fut rebaptisée, comme beaucoup d'autres localités basques. Fusionnée avec Ciboure le 24 novembre 179327, elle porta en effet (du 21 novembre 1793 au 20 mars 179527) le nom de Chauvin-Dragon, d'après le patronyme d'un dragon de la commune, tué par les Espagnols en défendant une redoute. Le Pays basque en général et Saint-Jean-de-Luz en particulier souffrirent énormément de la Révolution et de l'Empire : les guerres continuelles avec l'Espagne amenèrent des régiments de soldats avec leurs réquisitions, leurs pillages et les combats. Le blocus britannique tua toute activité maritime pendant 20 ans. En 1813, l'offensive de Wellington qui séjournait à LesakaNote 1, épargna Saint-Jean-de-Luz et les régions côtières. En 1790, le canton de Saint-Jean-de-Luz comprenait les communes de Bidart, Ciboure, Guéthary et Saint-Jean-de-Luz et dépendait du district d'Ustaritz15. Au xixe siècle, les digues, souvent détruites, furent reconstruites afin d'assurer définitivement la sécurité du port et de la ville. Les voyages de Napoléon III dans la région puis l'engouement de la bonne société pour la Côte basque débouchèrent à cette époque, avec l'arrivée du chemin de fer, sur un grand essor touristique. À la suite de l'édification de ses trois digues (Socoa, l'Artha, et Sainte-Barbe), Saint-Jean-de-Luz ne fut plus systématiquement envahie par les eaux lors des grandes tempêtes, comme cela avait été souvent le cas auparavant (en 1749, une terrible tempête ravagea le port, 200 maisons furent rasées et plus de la moitié de la population a dû quitter la ville). Cassant les gros rouleaux venus de l'océan, ces digues contribuèrent, dès le début du développement des bains de mer, à faire de Saint-Jean-de-Luz un lieu de villégiature très prisé des familles. Au début du xxe siècle, Saint-Jean-de-Luz devint une ville moderne et pour partie ouvrière. La généralisation de la chaudière à vapeur modifia dans un premier temps sensiblement les conditions de pêche et raccourcit les distances. De nombreuses usines s'édifièrent alors pour traiter le poisson dans le quartier du Fargeot, l'essentiel de la main-d'œuvre étant alors importée d'Espagne et aussi de Bretagne. Des majorités républicaines furent élues et administrèrent la municipalité, qui donnèrent le nom de Gambetta à la grande rue (Karrika Handia) et firent percer les boulevards Thiers et Victor-Hugo. Le développement touristique n'en fut pas entravé, Saint-Jean-de-Luz restant une destination élégante et à la mode. À proximité du site de Sainte-Barbe, où l'un des tout premiers parcours de golf du continent avait été ouvert, le baron Van Bree, aviateur belge tombé amoureux du Pays basque, créa un motel unique.
