北竿列島座落於福建閩江口外，昔日史書上，與南竿島分別稱作上竿塘、下竿塘或北竿塘、南竿塘，合稱竿塘。
根據早期歷史遺址的採集資料，可以確知北竿早在宋、元時期就已經有人長期定居。明初，實行海禁政策，盡徙南北竿塘居民於內地，竿塘諸島的開發因此遭受嚴重挫折，一度成為荒島，以及倭寇、海盜出沒之地；直至明代中葉開放海禁以後，內地居民又陸續遷來，披荊斬棘重新開發，至明末，又是村落掩映，耕漁稠密了。
清初，朝廷實行更為嚴厲的海禁政策，不僅驅迫海島居民盡徙內地，更將島上房舍田園悉行焚毀，再度使竿塘成為不准人民涉足的禁山；康熙後期開始，尤其是嘉慶十六年肅清蔡牽等大海盜之後，長樂、連江等縣沿海居民又陸續大舉遷居島上，觀察北竿各村落廟宇興建年代，大都在同治以後，可見這批移民潮應是構成今日北竿居民最重要的族群。
民國初期的北竿，仍是福建沿海漁民出海泊憩之所，偶因氣候、風浪、颱風之影響，在島上搭建漁寮暫居
。民國八年，農曆七月三十夜，正逢大潮之際，風颱襲來，沿海泥堤淹沒，長樂沙尾、厚福、汶上、曹朱、東山、阜山各段，一時盡成澤國，災民五、六萬人。此次風災使得這些地區連續數年無法種植稻穀，民眾無以為生，加以災後瘟疫橫行，於是促使居民紛紛出走，這波難民潮移入竿塘，落戶長住者頗眾。
尤其北竿附近海域漁產豐饒，盛產帶魚、蝦皮，年年吸引長樂梅花漁民前來打樁興建草寮捕魚，塘岐、橋仔聚集尤眾，橋仔澳口船帆林立，甚至遮蔽村莊，此一時期，北竿與內地互動密切，島上各漁村均空前繁榮，盛況持續至民國二十六年九月，南、北竿被日軍佔據為止。
抗戰期間，日本軍艦曾一度停泊北竿外海，有小飛機在上空盤旋，士兵亦曾上岸，搭帳蓬夜宿塘后沙灘，所幸日軍對於士兵的軍紀多作約束，未有侵擾事件發生，不數日船艦即告離去，由此可見北竿戰略地位的重要。
民國二十四年馬祖列島始設保甲，設竿西聯保辦公處於塘岐鹽倉（今塘岐國小），後以轄地過廣，再劃分成竿塘、西洋兩保，可見民國年間，北竿是馬祖地區的政經中心，此一地位，一直到民國三十八年國軍進駐，先是成立馬祖守備區指揮部於南竿，接著實施戰地政務，連江縣政府設於南竿，從此南竿成為馬祖的政經中心。
由於漁源枯竭，北竿於民國七十年代，人口大量外流，使得昔日的繁榮漁村如橋仔、白沙、芹壁、后沃等村落，十室九空，只剩下塘岐村依賴軍方消費，維持小康局面。
馬祖地區於民國八十一年解除戰地政務，次年開放觀光，但同時國軍也開始逐年自馬祖撤軍，至今北竿駐軍人數僅約千人，與昔日的「北高師」一萬餘名駐軍，不可同日而語，北竿長期依賴軍方消費的經濟型態，也大幅改變，造成民生經濟重大衝擊，引發另一波人口外流。
民國八十三年一月，北竿大道機場的啟用，再度開啟北竿興盛的契機，甚至一度吸引人口回流，但好景不長，在民國九十二年一月南竿機場落成後，北竿不再是馬祖的空中交通的主要門戶。不過，由於南、北竿只有十分鐘航程，近年來，在地方政府大力投入觀光軟硬體建設下，現已漸轉型為南竿的「後花園」，北竿發展觀光之路，已大步向前邁進。
